Die von Carlo Prati aus Trient (I) 1662, bzw. 1677 erbaute Orgel in der Stiftskirche wurde 1807 - nach Aufhebung des Klosters - in die Pfarrkirche Burgeis transferiert.

1816 wurde das Kloster wieder von Benediktinern besiedelt.

1866 baute Josef Aigner auf die Emproe der Stiftskirche seine bisher größte Orgel mit 32 Registern und 3 Manualwerken.

1918 wurden die Prospektpfeifen zu Kriegszwecken requieriert, nur die Blindpfeifen in den kleinen Prospektfeldern verblieben.

1922 arbeitete Johann Platzgummer aus Naturns an der Orgel, veränderte die Disposition und baute zwei neue Register ein.

2001 erfolgte bei der Restaurierung durch Martin Vier eine Rückführung und Neuintonation des Instrumentes; Vier ersetzte auch die Zink- durch Zinn-Prospektpfeifen. Die beiden im Gehäuseprospekt platzierten Engel (geschnitzt von Bildhauer Gregor Schwenzengast) stammen noch vom Gehäuse der einstigen Prati-Orgel (1677).

2022 restaurierte Oswald Kaufmann die Orgel mit besonderem Augenmerk auf Rekonstruktion des originalen Klangbildes. Dabei wurden die beiden Register Harmonica 16' und 8' durch Orgelbau Lenter, Sachsenheim (D) nach historischem Vorbild gefertigt.