1698-1701 wurde die Pfarrkirche in ihrer heutigen Form erbaut. 1711 stellte Franz Köck eine Orgel auf, die möglicherweise vom damaligen Fürstbischof Kaspar Ignaz v. Künigl gestiftet wurde, nachdem die Kirche die Schlosskirche der Künigls war.

1743 kaufte man vom Brixner Hofapotheker Christoph Zoller eine „neue Orgl“. Die ursprünglich einmanualige Orgel mit Pedal wird Johann Caspar Humpel (gestorben 1728) zugewiesen. Die Subbaß-Pfeifen wurden hinter der Orgel, außerhalb des Gehäuses platziert.

1789 baute Johann Götz die Orgel um, fügte ein 2-registriges nicht koppelbares Untermanual hinzu und ersetzte die Manual-Registerzüge durch senkrechte Holzschieber links und rechts von den Manualklaviaturen. Die Registerschildchen gehen auf ihn zurück, da er die Quint 1 1/2‘, die ursprünglich auf c‘ in 3‘ repetierte, mit neuen Holzpfeifen zu einem durchgehenden 3‘ und den 1‘ (ebenfalls mit neuen Holzpfeifen) zu einer Terz 1 3/5' machte. Das Pedal wurde um ein Fagott 8' bereichert.

1858 arbeitete Franz Perfler am Instrument und ersetzte im Pedal Fagott 8' mit Oktav-Baß 8', das von Franz (I) Reinisch stammt. Außerdem änderte er die Terz wieder zu einem 1', beließ aber das Registerschildchen.

1918 wurden die Prospektpfeifen requiriert und durch Zinkpfeifen ersetzt.

Bei der Restaurierung 2000 baute Eugenio Muner - Toblach, Pustertal (I) - wieder Zinn-Prospektpfeifen ein und stellte im Obermanual die Humpel-Disposition wieder her. Außerdem verlängerte er sämtliche Pfeifen, um eine tiefere Stimmung zu erzielen.

2018 versetzte Oswald Kaufmann - Deutschnofen, Südtirol (I) - die Orgel in die Mitte der Empore.