1799 wurde die Pfarrkirche von durchziehenden französischen Truppen gesprengt.

1805, gleich nach dem Wiederaufbau der Pfarrkirche, erbaute Mathias Mauracher aus Fügen im Zillertal in Tirol (A) ein neues Instrument.

Bereits 1863 war man mit dem Instrument jedoch so unzufrieden, dass man Franz (I) Reinisch aus Steinach a. Br. (A) mit einem Neubau beauftragte; die Fertigstellung der Orgel erfolgte 1864. Reinisch verwendete beim Neubau das Gehäuse sowie einen Großteil des Pfeifenwerks von Mauracher und versetzte das Rückpositiv (als Positiv-Werk) hinter das Hauptwerk. Den Prospekt mit den Pfeifen vom Rückpositiv beließ er als Attrappe.

1920/21 nahm Johann Platzgummer aus Naturns Dispositionsänderungen vor, die Johann Pirchner bei der Restaurierung von 1993 wieder rückgängig machte. Pirchner reaktivierte dabei wieder das zuvor stumme Rückpositiv und baute das Pedal bis auf d1 aus.