1635-37 baute Simon Hayl aus Rottenbuch in Oberbayern (D) eine Orgel, deren Flügeltüren noch erhalten sind.

1874-75 baute Josef Aigner eine neue Orgel, das neugotische Gehäuse entwarf Bildhauer Josef Waßler aus Lana, die Tischlerarbeiten schuf Tischler Stephan Meraner.

1918 wurden die Zinn-Prospektpfeifen zu Kriegszwecken entfernt.

1930 bauten Josef und Ernst Panhuber aus Linz (A) Zink-Prospektpfeifen ein und veränderten auch die Disposition.

1932 Umarbeitung durch der Naturnser Orgelbauer Johann Platzgummer

1979 wurden - bei der Restaurierung durch Leopold Stadelmann - die Zinn-Prospektpfeifen wieder eingebaut und die Disposition korrigiert.

2023 wurde das Instrument von Oswald Kaufmann gereinigt und überholt. Im Laufe der Arbeiten stellte sich heraus, dass bei der Restaurierung 1979 in drei Register des Hauptwerks (Bordun 8', Copel 8', Flöte 4') die Pfeifen im Vergleich zum Ursprungszustand falsch zugeordnet wurden. Um das Klangbild wieder in seinen Originalzustand zu bringen, wurden die Arbeiten ausgeweitet und Pfeifen umgestellt und teilweise angelängt und neu rekonstruiert.