Die erste urkundlich gesicherte Nachricht über eine Orgel im Dom zu Brixen stammt aus dem Jahre 1531.

1756 schloß das Brixner Domkapitel mit Augustin Simnacher aus Angelberg (D) einen Vertrag zum Bau einer dreimanualigen 44-registrigen Orgel mit freistehendem Spieltisch im Brixner Dom ab. Bereits 1857 starb Simnacher; dessen Schwiegersohn Alexander Holzhay vollendete bis Ende 1758 das Werk. Das Gehäuse fertigte der Brixner Hoftischler Ferdinand Schwabl, die Faßarbeiten stammen vom Brixner Maler Michael Müller. Joseph Graßmayr, Glockengießer in Brixen, spendierte für die Orgel ein Glockenspiel.

1898 bauten die Gebr. Mayer aus Vorarlberg (A) ein neues zweimanualiges Instrument mit insgesamt 40 Registern ins alte Gehäuse; bereits 1931 wurde durch Dreher & Flamm das Instrument total umgestaltet und vergrößert - mit elektropneumatischer Traktur, drei Manualwerken, zwei Spieltischen und 60 Registern.

Beim Neubau 1980 verwendete Pirchner die Gehäusefassade und das noch vorhandene Glockenspiel von der alten Simnacher-Orgel.